指紋は、指先の皮膚にある汗腺の開口部が隆起した線（隆線）により出来る紋様。またはこの隆線の形作る模様が物体の表面に付着した跡。人や指ごとに「紋様」は全て異なり、終生不変という特徴を持つと言われている。また、掌紋や足紋(足の裏の紋様)も同様の特性を持っており、これらを総称して皮膚紋理と呼ぶ。
遺伝子が同じ一卵性双生児同士であっても指紋は異なるが指紋の特徴は遺伝するものであり、人種や地域毎に紋様の出現比率が異なる。日本人の中で最も多く見られる紋様は渦状紋である。
遺伝病である先天性指紋欠如疾患や、ネーゲリ症候群、網状色素性皮膚症等の発症者は指紋が無いという特徴を持つ。歌舞伎症候群の発症者は、蹄状紋増加等特徴的な指紋を有する。
台湾では5世代に亘って先天的に両手両足の指紋が無い一族が発見された。ただし刑事局は溝が浅く肉眼では見えないだけで識別器では判別できるとしている。
個々人で紋様が異なるという特徴から指紋は犯罪捜査や個人認証として利用されている。日本では1908年（明治41年）の司法官僚である平沼騏一郎の報告書に基づいて、1911年（明治44年）に警視庁が指紋制度を採用した。日本においては、江戸時代より「証文における署名・捺印」と同じ意味を持つ物として拇印が採用されていた。即ち、日本は昔から「指紋による個人特定」を認識していたと言える。
