日本人は古くからマグロを食用とし、縄文時代の貝塚からマグロの骨が出土している。江戸の世相を記した随筆「慶長見聞集」ではこれを「シビと呼ぷ声の死日と聞えて不吉なり」とするなど、その扱いはいいものとはいえず、腐敗しやすいことも相まってむしろ下魚とされた。江戸時代の豊漁の際、腐敗を遅らせるためにマグロの身を醤油づけにした「ヅケ」が握り寿司のネタとして使われ出したのが普及のはしりという説がある。近代以降も戦前までは大衆魚で、主として赤身の部分が生食されていた。脂身の部分である「トロ」は特に腐敗しやすいことから加工用だったが、冷凍保存技術の進歩と生活の洋風化に伴う味覚の濃厚化で、1960年代以降は生食用に珍重される部位となった。なおマグロの品質が低下しない冷凍温度帯は-30℃以下であり、実際の流通上では-50℃の超低温冷蔵庫に保管する。一度解凍したマグロを再凍結すると組織が破壊され、非常に質が劣化する。再解凍後にはドリップ（旨味成分等を多量に含んだ汁）が流れ出すなどして風味も落ちてしまう。
1995年の統計では、世界のマグロ漁獲量191万tに対し、日本の消費量は71万t。そのうち60万tを刺身・寿司等の生食で消費している。加工品では「ツナ」もしくは「シーチキン」（商標名）と呼ばれるサラダオイル漬けの缶詰が多い。