観光整備工事中の1967年（昭和42年）に龍泉洞入洞口の向かい側に新たに洞窟が発見され、龍泉新洞と命名された。また、その洞内から土器・石器などが多数発見された。トレーサー調査によれば、龍泉新洞は龍泉洞の下流部分にあたるとされるが、実際に水中部を潜り調査したことはない。龍泉洞の水が再度地下に潜り込み、本洞前の清水川の下を「第二の川」のように流れ、龍泉新洞の「泉」で湧いていることが分かっている。龍泉洞の潜流地点から龍泉新洞の「泉」まで、おおよそ5分ほどで到達していると言われる。洞窟内には、キクガシラコウモリ、コキクガシラコウモリ、モモジロコウモリ、ウサギコウモリ、および、テングコウモリという、ココウモリ類（小翼手類）5種の生息が確認されており、これらのコウモリ類は、1938年（昭和13年）12月14日、洞窟と共に「岩泉湧窟及びコウモリ」名義で国の天然記念物に指定された。