原作者のまつもと泉は連載中に原因不明の体調不良に度々襲われるようになり、長期休載を余儀なくされたことがある。休載前と連載再開後の一時期では絵柄が大きく異なるため、当時のアシスタントの「萩原一至が作画を担当していた」と噂された。実際にはまつもとが執筆不能となった時に一時的に萩原が作画を担当したのみであり、また萩原も連載終了前にまつもとのスタジオを去っていて、まつもと本人もこの噂を公式ファンブック内で否定している。まどかの髪型を戻した。なお、まつもとの体調不良の原因は、2004年になって脳脊髄液減少症であったことが判明している。単行本化にあたってはかなり加筆修正されている。特に最終巻、最終話は大幅になされている。さらに愛蔵版発行時にも加筆修正されており、連載時、JC（ジャンプコミックス）時、愛蔵版以降は最終回が全て違っている。愛蔵版や文庫版では連載より年月がすぎた時の加筆修正であるため、絵柄がかなり異なっている。