
シナリオを担当した山崎敬之の著書によると、山崎が書いた最終回のシナリオに対して、原作者の藤子不二雄ⒶはOKを出さず、最後のタイミングの早朝に、TBSのロビーを訪れてまで打ち合わせを行い、ようやくOKが出たというエピソードが残っている。山崎は「あとから思えば、これほど手ごわい原作者もいなかった」と語っている。
本作で怪物くんを演じた白石冬美は、後のカラーリメイク版でも再び彼を演じたいと作者にまで懇願したが、放送局や製作会社、スポンサーが異なるなどの理由から、野沢雅子に変更されている。
オープニングとエンディングでは、スポンサーの不二家のキャラクターであるペコちゃん(声・斉藤尚子)が怪物くんと共演している。他の「不二家の時間」枠の藤子不二雄アニメ作品においてもペコちゃんとの共演は行われていたが、「東京ムービー アニメ主題歌大全集」収録の『オバケのQ太郎』オープニング・エンディング、『パーマン』オープニングはカットされたフィルムを元にしているため、共演部分を見ることはできない。現状、オープニング・エンディングともペコちゃんとの共演シーンが見られるのは『怪物くん』のみ。