オレたちひょうきん族一回の放送につき三人ほどの懺悔の模様が放送されたが、実際にはゲストであろうと番組でNGを出した者全員が懺悔室の対象であり、放送時間の関係で面白いものだけが放送されたと後に明された。「懺悔! 懺悔!」は当時流行語になり、後述通りパロディも多数登場した。なお神様の裁定時の判定における手の動きだが、「マル」のときはスローだったのに対し、「バツ」のときは逆に素早い動作だった。
NGを出さなくても懺悔室に送られるケースもあり、西川のりおは『金儲けしすぎ』という全く番組に関係ない理由で懺悔させられ、水をかけられたことがある。また、公開収録の『ひょうきん公開懺悔室』では、収録テープが入ったビデオデッキの操作ができなかったという理由で明石家さんまが懺悔するハメになったこともある。時にはNGを誰一人も出さなかった、NGでも面白かったからOKにしたためNG無しという回もあり、その際は「今日は懺悔の無い良い一日でした」と言うナレーションの後、マルの際と同様に紙吹雪が降って、エンディングの流れとなった。神様に大量の水を掛けるパターンもあった。判決時に使われていたBGMは、『宇宙刑事ギャバン』の「ギャバン蒸着」（作曲:渡辺宙明）。
通常はこの『ひょうきん懺悔室』が番組の最後のコーナーで、これが終わるとそのままエンディング曲、提供クレジットが出て番組が終わる、という流れであった。
当時の出演者曰く、「水ではなく、お湯（ぬるま湯）をかけること」が頻繁で「この件で次の仕事に支障を来たさないための配慮」であったとも語られていた。後に他のバラエティ番組がパロディで懺悔室を再現した際、島崎俊郎は「本物の水やないか! あの、あの、常識の無いひょうきん族でもぬるま湯やったわ!」と絶叫。しかし、中には冷水であったり、インクや粉をかけられることもあった。その上、被った際の貸衣装代は全て自腹で弁償もしくはクリーニングしなければならなかった。