重箱式巣箱の採蜜は、ハチミツの貯蔵域以外を破壊しないという特徴があります。ニホンミツバチの巣は、巣の上側がハチミツを貯める部分で、下側が幼虫を育てる部分になっています。巣が大きくなって、重箱式巣箱が4段、5段と積み重なったときの最上段は、ハチミツを貯める貯蜜域となっています。そこで重箱式巣箱では、最上段を取り外すことで採蜜を行います。
幼虫を育てる部分は採蜜によって破壊されることがないので、ニホンミツバチはそのまま生活を続けることができます。
もちろん、ハチミツが減ってしまいますが、ニホンミツバチは働き者なので、冬越しに必要な量よりも多く蓄えています。冬越しに必要な分を残しておけば問題はありません。