昭和30年代から昭和40年代に進んだ人口の郊外移動とモータリゼーションの影響で、棒二森屋のある中心市街地の商店街の地位は1973年（昭和48年）に年間販売額が1968年（昭和43年）の6倍になった旧亀田市赤川通地区などの郊外の商業施設との競争に巻き込まれて地盤沈下し、造船不況による函館ドックの低迷や北洋漁業の衰退など地域経済が伸び悩むなど外部環境が厳しさを増していった。 1981年（昭和56年）は百貨店の「函館西武」が開業するなど競争が一段と激化。系列子会社が1社倒産するなど経営に支障が出ていたため、一時は同じく老舗百貨店の三越が棒二森屋救済に名乗りを挙げるも新館の建設で意見が対立し結局、大手スーパーのダイエーと業務提携を結びダイエー傘下となった
ダイエーとの提携後の1982年（昭和57年）にはアネックス新館を開業して増床するなど競合に対抗し、1993年（平成5年）9月21日の臨時株主総会で筆頭株主で経営指導も行っていたダイエー系のアドバンスド・デパートメントストアズ・オブ・ジャパンへの営業譲渡を決議して1994年（平成6年）2月28日付で営業権を譲渡し、運営していた株式会社は清算され消滅した。
2004年（平成16年）12月に産業再生機構がまとめたダイエー再建策に百貨店事業からの撤退が盛り込まれて売却の対象とされ、地元流通業者と譲渡交渉が行われた。2005年（平成17年）9月には営業継続の方針が固まり、同年12月1日付でダイエーの子会社である中合と合併。棒二森屋の運営は同社が手掛ける体制に移行した。
2015年（平成27年）1月1日にイオンがダイエーを完全子会社化し、ダイエーの子会社である中合もイオンの子会社となった。
2017年（平成29年）4月、本館の耐震補強工事には多額の費用が見込まれること並びに棒二森屋自体の売上の低迷から、同年6月には閉店も今後の方針の一つとして俎上に載り、検討されていると各報道機関が報じた。
2018年（平成30年）3月、イオンは閉店を計画している棒二森屋について、本館とアネックスを建て替えた上で、本館跡の建物には低層階にスーパーや金融機関が入り、上層階にはマンションを設けるほか、アネックス跡の建物にはシティーホテルなどの宿泊施設を設ける計画案を同年3月17日に市や、商工関係者に伝えたと報じられた。
同年6月29日、2019年（平成31年）1月31日をもって閉店することが正式に発表された。