記番号の形式は、ラテン文字（アルファベット）と算用数字の組み合わせによる通し番号という形式である。各券種の日本銀行券1枚ずつ固有のものである。記番号の組み合わせを全て使い切ってしまった場合、あるいは紙幣の仕様をマイナーチェンジする場合、印刷色を変えて再度同じ記番号が使われている。
アルファベット26文字のうち、「I」（アイ）と「O」（オー）は、数字の「1」「0」と紛らわしいため使用されない。従って日本銀行券の記番号に使用されるアルファベットは24文字となる。
アルファベットに挟まれた数字6桁については、000001から900000までの90万通り。
これまでに記番号の色が変更された（予定含む）紙幣は次の通り。
変更理由は、(A)は記番号の組み合わせの枯渇によるもの、(B)は紙幣の仕様のマイナーチェンジによるもの。
- C千円券（伊藤） - 黒色（1963年11月）→(A)青色（1976年4月）
- D一万円券（福澤） - 黒色（1984年11月）→(B)褐色（1993年12月）
- D五千円券（新渡戸） - 黒色（1984年11月）→(B)褐色（1993年12月）
- D千円券（夏目） - 黒色（1984年11月）→(A)青色（1990年11月）→(B)褐色（1993年12月）→(A)暗緑色（2000年4月）
- E一万円券（福澤） - 黒色（2004年11月）→(A)褐色（2011年7月）
- E五千円券（樋口） - 黒色（2004年11月）→(B)褐色（2014年5月）
- E千円券（野口） - 黒色（2004年11月）→(A)褐色（2011年7月）→(A)紺色（2019年3月予定）
