アトキンソンは1990年、サネトラ・サストリーと結婚した。ニューヨークシティのレストラン「ロシアン・ティー・ルーム」で密かに結婚式が行われた。オックスフォードシャー州に居住し、リリーとベンジャミンという2人の子供がいるが、2015年に離婚した。自動車好きとしても知られており、Mr.ビーンの愛車でもあるミニ・クーパー以外にも、ロールス・ロイスなどの高級セダンや、フェラーリなどのスーパーカーから、ホンダ・NSXのようなスポーツカーなどを所有しているほか、1990年には地元の自動車雑誌『Car』にアストンマーティン・ヴィラージュの試乗レポートを寄稿していた。
またダラスで行われたカーレースに、自身のアストンマーティンで出場したが、カーブを曲がりきれず防御壁に衝突して大破させたり、1999年10月には自身で購入したマクラーレン・F1で乗用車に追突する事故を起こし、修復に膨大な金額を要する事態を招いている。この2つの事故でアトキンソンに怪我はなかった。
2011年8月4日にも、上記のマクラーレン・F1を大破させる自損事故を起こしている。この際、アトキンソンは肩甲骨骨折のけがを負った。
