唐津神社の神職を務める戸川家の口碑によると、神輿の御神幸は寛文年間（1661年-1672年）に始まったとされる。今日の神幸行列のように曳山がこの祭りに登場するのは、一番曳山（いちばんやま）の「赤獅子（あかじし）」が文政2年（1819年）に奉納されてからのことである。以後、曳山は明治9年（1876年）までに15台が製作されているが、うち1台は消失し、今日奉納されているのは14台である。消失した曳山は紺屋町が製作した【黒獅子】で、明治22年（1889年）が最後の巡行となった。この原因には諸説あり、宵宮に提灯の火がつき消火のために堀に落としたところ、損傷が激しいために廃棄したという説もある。しかし、その時代に現在のような宵曳山行事はなく、真相ははっきりしない。本来の「くんち」は、唐津神社の縁起にあわせて旧暦9月29日の本祭（現在の本殿祭と神幸祭（御旅所神幸）とからなる）を中心として営まれていたが、暦制の変更に対応して、大正2年（1913年）には本祭が新暦10月29日に、町廻りが翌30日に変更された。10月28日に行われていた「前夜祭」（のちに「宵曳山」に名称変更）が正式行事に加わったのは昭和37年（1962年）からである。
さらに、週休制の浸透や外来の観光客の招致といった理由によって、昭和43年（1968年）には、本祭のうち本殿祭のみを10月29日に残して、神幸祭（御旅所神幸）は祝日である11月3日に変更された。この変更にともない宵曳山も11月2日に、町廻りも同4日に変更されており、一般には、曳山の巡行をともなうこの11月2日からの3日間が「唐津くんち」と呼ばれるようになっている。