弘南鉄道 大鰐駅は、島式ホーム1面2線を持つ。基本的に4番線から発車する。 JRとは保守用車両留置線を介して弘南側引上線にレールが接続されている。南口はJR大鰐温泉駅に隣接しており、出札口と自動券売機があったが、2009年4月1日より終日無人化された。自動券売機の使用も停止されたため、乗車券は北口出札口で購入することになる（詳細は下記に記述）。南口駅舎はJR大鰐温泉駅とは別にあるが、中に入るとJRのプラットホーム(1番線)につながっており、大鰐線のホームへはJRの2,3番線に向かう跨線橋を共用している。
北口は弘南鉄道のみで社員配置駅。出札口（営業時間・平日7時00分 - 12時00分、14時00分 - 17時00分）と運転室があり、出札口では弘南バスの定期券・回数券も取り扱っている。出札口の営業時間外は備え付けの無札乗車証明書を持って乗車し、下車時に精算することになっている。
