ボロブドゥールは、平原の中央にある径約50mの天然の丘に盛土のうえ、安山岩や粘板岩を積み上げてつくられている。寺院として人びとに信仰されてきた建造物であるが、内部空間を持たないのが際だった特徴である。いちばん下に一辺が約115mの屈折した方形の基壇があり、その上に基壇と相似形をなし、やはり屈折した5層の方形壇、さらにその上に3層の円形壇があり、全体で9層の階段ピラミッド状の構造となっている。この構造は、仏教における三界をあらわしていると考えられている。それぞれの高さの比は 2 : 3 を基調とし、全体で 4 : 6 : 9 の比によって構成されている。
層の方形壇の縁は壁になっていて、各層に幅2mの露天の回廊がめぐらされる。方形壇の四面中央には階段が設けられており、円形壇まで登れるようになっている。
総延長5kmにおよぶ方形壇の回廊には、仏教説話にもとづいた1460面におよぶ浮彫彫刻レリーフが時計回りにつづいており、登場人物は1万人におよぶとされている。同様に1212面の装飾浮彫には、天人や羅刹、鳥獣、植物文様およびインド神話に登場する伝説上の鳥獣などがみられる。なお、外層、内層ともに四方に階段をもち、各面いずれも全く同形同構造で、どれを正面とするかわからない、幾何学的に均斉な構造となっている。