天皇旗は、天皇の行幸その他のときに天皇のしるしとして用いられる旗である。1889年10月7日公布の海軍旗章条例（明治22年10月7日勅令第101号）にて制定（大日本帝国海軍の旗章）。但しこの意匠については古くからあり、鎌倉時代頃には皇室の紋として定着した。「十六八重表菊」が公式に皇室の紋とされたのは、1869年（明治2年）8月25日の太政官布告第802号による。
地質、錦、特別の事由のあるときはこの限りでない。地色、紅。菊章、金。横、縦の3/2。菊心、旗面の中心。菊心径、縦の2/19。菊全径、縦の2/3。
大日本帝国陸軍においては、天皇の公式の鹵簿（ろぼ）に際しては儀仗兵が天皇旗を捧持し、天皇旗の通御（つうぎょ。通行）の6歩前から6歩後まで、礼式を行なう。
海軍旗章令においては、天皇の乗御のとき、艦船においては大檣頂に、短艇においては艇首の旗竿に掲げる。天皇が短艇で艦船に臨御のときは、短艇の着艦と同時に艦船に天皇旗を掲げ、短艇の天皇旗を撤去し、艦船から短艇に乗御のときは、短艇の発艦と同時に短艇に天皇旗を掲げ、艦船の天皇旗を撤去する。陸上の海軍官衙に臨御のときは天皇旗を旗竿に掲揚する。
