吹上御苑は日本の皇居（東京都千代田区）・吹上地区にある御苑。吹上御所とも呼ばれる。敷地の多くは森林となっており、その中に御所等の建物が点在する。主な建物として、昭和天皇、香淳皇后の御所であった「吹上大宮御所」、現在の天皇・皇后の住居である「御所」、「宮中三殿」などがある。江戸城築城後には番衆・代官衆や清洲藩の松平忠吉の屋敷地があり、その後は徳川御三家の大名屋敷が建築された。1657年（明暦3年）1月明暦の大火で全焼し、当時財政難であった幕府はほぼ壊滅状態であった江戸復旧に際し都市の再建を優先。このあたりは江戸城への類焼を防ぐための火除け地として日本庭園が整備される運びとなった。
明治維新では一時荒廃したが、江戸城に天皇が居住するようになると、庭園が再建され、さらにゴルフ場も建設された。吹上御苑の転機となるのは1937年で、昭和天皇がゴルフ場の使用を止め、自然のまま残すように希望したため、以後森林が形成された。隅々まで人の手が入った旧西の丸地区とは対照的に、手つかずとなった吹上御苑は、都心においては驚異的な、あたかも人工の原生林とも言える植生を形成、さながらビオトープの様になっている。