ＪＲの寝台特急「北斗星」（上野－札幌）が、今年３月１４日のダイヤ改正で廃止されると正式に決まったことで、第三セクター青い森鉄道の経営は大きな影響を受けそうだ。ＪＲ側は青い森鉄道と重なる運行区間の利用料４億円前後を毎年青い森鉄道に支払ったが、北斗星廃止に伴って利用料が大幅に減る。青い森鉄道の線路を利用するＪＲの寝台特急は、北斗星が１日１往復、カシオペアが週３往復。ＪＲ東日本などによると、来年３月の北海道新幹線開業に向けて新幹線車両の走行試験が本格化するため、夜間に青函トンネルを通過する北斗星の運行継続は困難と判断した。車両が老朽化し、設備更新に多大な費用がかかることも廃止の一因という。
青森県内で北斗星の乗り降りはできないが、青い森鉄道の青森－目時（青森県三戸町）間・約１２２kmを通過する。ＪＲが乗り入れる三セク区間としては全国最長。青い森鉄道は２０１３年度、ＪＲからこの区間の通行料として３億８８００万円を得た。年間旅客収入（１８億５３００万円）の２割を占め、北斗星廃止後は大幅な減収は避けられない。