寝台特急北斗星は、1999年の「カシオペア」運行開始後は1往復が臨時列車に格下げされ2往復となった。2008年3月以降は北海道新幹線建設工事の影響で、青函トンネルを含む津軽海峡線区間での夜間工事時間帯確保のため毎日1往復のみの運行となっている。2014年3月14日をもって寝台特急「あけぼの」が定期運行を終了して以降、上野駅発着の唯一の定期夜行列車となっている。だが2015年3月13日で定期運行を終了し、27年の歴史に幕を閉じる予定。
運行開始から25年を経た現在でも、首都圏～北海道間相互の観光客需要を中心に根強い人気がある。1往復に減便されたことも相まって、特に繁忙期は個室寝台を中心に1か月前の寝台指定券発売開始後すぐに売り切れることが多い。