サンゴ礁はその形態により、大まかに裾礁、堡礁、環礁の3つに分けることができる。海岸部に接して発達したサンゴ礁を裾礁（きょしょう）という。外礁に囲まれた礁の内部は浅い礁池（しょうち）となり、上空から見ると水色に見える。現在の日本のサンゴ礁のほとんどが裾礁である。外礁が防波堤のように環状に島を取り囲み、礁と島の間にやや深い礁湖（ラグーン）があるものを堡礁（ほしょう）という。チューク島（トラック諸島）などが例として挙げられる。堡礁は、中央の島を取り囲んでいるもの以外に、大陸を取り囲んでいるものもいう。大陸を中心に取り囲んでいるので有名なのがオーストラリアのグレート・バリア・リーフ（大堡礁）である。
礁の中央に島がなく、環状の外礁と礁湖のみがあるものを環礁（かんしょう）という。ムルロア環礁や沖ノ鳥島などが例として挙げられる。このようなサンゴ礁の形態の違いは、島の沈降もしくは海面の上昇によると考えられている。堡礁や環礁の形成過程については、裾礁を抱える島が地殻変動や侵食により沈降し堡礁や環礁に変化したとする沈降説と、最終氷期の海水準変動によって生じた裾礁が海面の上昇により堡礁や環礁に変化したとする氷河制約説とがあり、共に一定の評価を得ている。特に沈降説は、チャールズ・ダーウィンによるもので、現在ではプレートテクトニクスと連動している。
サンゴ礁が隆起や海面降下により島となる場合もある。宮古島や沖永良部島などがその例で、島が全体的に平坦な形となるのが特徴である。また、北大東島と南大東島は島の中央が凹んでおり、周囲を囲むように高い部分がある。これは、隆起した環礁であると考えられている。
パラオなどはサンゴ礁内に大きな鍾乳洞があるが、鍾乳洞は陸上でなければ形成されないので、かつてそこは陸上だったことになる。これはサンゴ礁が海面の降下で海面上に現れ、侵食を受けて鍾乳洞ができ、再び海面が上昇したときに海底となったもので、現在島となっている部分は侵食されずに残った部分である。
