2012年3月、このウイルスを北京大学など中国の研究チームが遺伝子解析した結果、コウモリ由来のウイルスに近く古くからあるとみられるS型（全体の3割）と毒性の強弱は不明だが感染力が強いとみられるL型（全体の7割。武漢市の流行では大半を占めるが、市外の流行では現在は減少傾向にある）という塩基配列の異なる2つの型に分類できることが分かった。患者の多くは片方の型にしか感染していないものの両方の型に感染した例も確認されており、ウイルスに一度感染し症状が治っても別の型に「再感染する」と言う報道もあるが、再感染の可能性および原因については議論があり今後の研究・検討を要する。
中国武漢市での初期流行はL型が支配的だったが、2020年1月以降減少に転じた。L型はより攻撃的で、より急速に蔓延する。そのため、流行対策による人的介入のため選択圧が掛かり割合的に減少したと見られている。
S型は進化的に古く、変異前（先祖型）と見られている。攻撃性が低いため選択圧が弱く、相対的に割合が増加したと見られる。日本での感染株はS型が多いと推測されている。